محلول کلر هگزیدین گلوکونات 20% ، در صنعت دارویی به عنوان آنتی سپتیک، در محصولات ضد عفونی کننده و تولید دهانشویه جهت سلامت و بهداشت دهان کاربرد دارد. این محلول در صنایع پزشکی، دامپزشکی، لوازم آرایشی و صنایع لبنی در فرمول بندی انواع مختلفی از محصولات، به عنوان نگهدارنده و به عنوان یک ماده دارویی فعال استفاده می شود. این محلول تاثیر بالا در برابر باکتری های گرم مثبت و گرم منفی داشته و دارای خاصیت ضد قارچی و ضد اسپور می باشد. کلر هگزیدین برای اتصال به پوست و غشاهای مخاطی قوی است و در نتیجه فعالیت طولانی مدتی را فراهم می کند.